晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件迸发，导致东都线列车损毁经过一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人认定这与8年前朝仓掌管负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽