《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。

1～4：香港九龙财宝杀人事件 5：速水玲香与不速之客 6～9：炼金术杀人事件 10～14：狱门塾杀人事件 15～16：高空一万米的杀人 17：露营场怪事件 18：跳水池的恶灵 19～22：剑持警部的杀人 23～25：游戏

在平常人看不见的空间“护星界”中，居住着一群拥有超能力“护星之力”的“护星天使”，他们遵守着“自己的力量是用于保卫母星地球和人类”这一信条，每当地球陷入危机时，他们便挺身而出 但在某天，护星天使用于往返“护星界”和“地上