14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生史无前例的巨变在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里